Quando os poderes de Nya são repentinamente interrompidos, os ninjas viajam até o fundo do Mar Sem Fim em busca de respostas. Eles encontram um perigoso mundo subaquático governado pelo Príncipe Kalmaar, que quer destruir a cidade de Ninjago ao acordar a toda-poderosa serpente marinha Wojira. Os ninjas devem encontrar os amuletos valiosos para detê-lo e manter sua casa segura. Eles triunfarão sobre o mal que enfrentam nas profundezas do oceano?