Dessa vez, ao lado de Ash, a série ganha outro protagonista: Goh. Enquanto Ash almeja subir de níveis no ranking mundial para enfrentar o Campeão Mundial Leon em uma batalha, Goh tem como objetivo capturar todos os Pokémon do mundo até, enfim, capturar Mew. Diferente das outras temporadas, os dois viajam juntos por todas as 8 regiões do mundo Pokémon como pesquisadores do Professor Cerise.