A primeira temporada é a fase introdutória da série animada, onde os primeiros X-Men formadores do Instituto Xavier, Tempestade e Jean Grey, recrutam novos integrantes: Noturno, Lince Negra, Spyke e Vampira. Noturno descobre a verdade sobre sua mãe, Wolverine encontra respostas sobre seu passado, Vampira passa da Irmandade de Mutantes para os X-Men, as lutas constantes entre Wolverine e Dentes-de-Sabre se tornam freqüentes e o irmão de Xavier, Fanático, é solto da prisão.
1 - 1A Estratégia X Nov. 04, 2000- 1 - 2O Impulso X Nov. 11, 2000
- 1 - 3A Recruta Vampira Nov. 18, 2000
- 1 - 4O Mutante Esmagador Nov. 25, 2000
- 1 - 5Velocidade e Spyke Dec. 09, 2000
- 1 - 6Universo do Meio Jan. 27, 2001
- 1 - 7A virada da Vampira Feb. 03, 2001
- 1 - 8A Câmera Spyke Feb. 10, 2001
- 1 - 9A Sobrevivência dos Mais Aptos Mar. 03, 2001
- 1 - 10Passado Sombrio Mar. 31, 2001
- 1 - 11Lembrete Implacável Apr. 14, 2001
- 1 - 12O Caldeirão – Parte 1 May. 05, 2001
- 1 - 13O Caldeirão – Parte 2 May. 12, 2001
